対話不能の異生物・奇居子（ガウナ）により太陽系が破壊されてから1000年後の世界。 人類の繁殖と生産を維持しながら宇宙を放浪する播種船・シドニアの最下層部で育てられた少年・谷風長道（たにかぜながて）は、祖父の死を期に街へ出、人型巨大装甲・衛人（もりと）の操縦士訓練生となる。そこで出会った様々な仲間たちと学校生活を送る中、ついに初任務が下される。しかしその任務中、長道たちの前に突如、奇居子が出現。100年ぶりとなる脅威との遭遇に、人類は、長道は、何を選択するのか？人類の存亡をかけた戦いが今、始まる――。