地球は２０世紀以降、数百年に亘る自然破壊や生態系破壊、核や生物兵器などを使用した戦争により、大地が汚染や崩壊で荒廃し、大多数の動植物が死滅していった。そして、地球史上６度目の大量絶滅‘ビッグシックス’を迎えた。
そんな中、人間は空中に都市を建設し、絶滅寸前の動物達を移住させ、種の保存を試みた。空高くに隔離されたこの空中都市では、長い年月をかけて動物達が進化を遂げた。人工的な遺伝子交配を経て進化した彼らは、言語を獲得し、二足歩行をする特殊な生命体として文明を築き始め、何不自由なく幸せな暮らしを営むまでに発展を遂げた。もはや、下界の存在を思う者は居なくなっていた――
ある日、一粒の植物の種が空中都市に紛れこんでくる。種を拾った空中都市の子供達は、外の世界を覗いてみたいという衝動を抑えられなくなり、まだ見ぬ世界へ冒険に出ることを決意した。
ひとたび地上に降りると、決して戻れないということを知らずに……