小学３年生の姫乃が田舎の大きな屋敷に引っ越してきた。
しかし、そこはなんと忍者屋敷だった！
炎を操る赤巻、水回り担当の青巻、日曜大工担当の黄色巻。
忍者たちは、姫乃を姫と勘違いして、
それぞれの得意ワザでこじんまりと問題を解決していく。
しかし、忍者の力はそれだけではなかった。
青巻と黄色巻の分身が合体して混ざると緑巻が、
同様に赤巻と青巻で紫巻が、赤巻と黄色巻で橙巻が誕生するのだ！
そんな色とりどりの忍者たちとの不思議な生活が始まる一方で、屋敷に近づくのは巨大な竜巻。姫乃一家はどうなるのか！？
カラフル忍者は姫乃を守ることができるのか！？