地下深くにある平和で美しい国「ダイヤモンド鉱国」。この国にある「聖なるダイヤ」は、鉱国を維持する大切なエネルギー源として、長い間その役割を果たしてきたが、今まさにその命が尽きようとしていた。このままではこの美しい鉱国は滅んでしまう！そんな時、ディアンシーはサトシとピカチュウに出会い、聖なる力を求めて「生命のポケモン」ゼルネアスを探す旅に出る。しかし、その行く手には、「破壊のポケモン」イベルタルの眠る繭が待ち受けていた――。