“21世紀中盤、海面上昇による陸地の喪失と突如現れた【霧の艦隊】による海域封鎖とで人類が疲弊する中、士官候補生・千早群像は、霧の艦隊の潜水艦・イ401に乗り込み、そのメンタルモデル・イオナらと共に、日本政府からの極秘の依頼を受け、対「霧」最終兵器・【振動弾頭】の量産用サンプルを、アメリカに届ける。
立ちはだかるのは、霧の東洋方面第一巡航艦隊。戦いの中、イオナは成長していく。人類と霧を隔てるものは何か。壮絶な戦いの末に依頼を果たした群像たちの次なる目的は？そして新たに立ちはだかる影は――？”