少女は、自らの願いと引き換えに魔法少女になる。
魔法少女たちは、絶望をまき散らす災厄の遣い・魔女と戦い、やがては自らも絶望に沈み、最後には魔女そのものへと変貌してしまう―。
永きにわたり繰り返された、希望と絶望を巡る残酷な連鎖は、鹿目まどかの貴い犠牲によって断ち切られ、世界は新しい理へと導かれた。まどかへの想いを果たせぬまま、取り残された魔法少女・暁美ほむらは再編された世界でたったひとりで戦い続ける。